Опытные сталкеры Комбат и Тополь знают Зону как свои пять пальцев, давно ходят на дела вдвоем. Но однажды поссорились и они. Тополь стал военным сталкером и несет службу на Речном Кордоне-опаснейшем уровнем Зоны, который тянется вдоль нового русла Припяти. Комбат же как и раньше работает сам на себя, добывая хабар в одиночку.

Зона изменилась и расширилась после странной катастрофы. Один за другим начали появляться новые виды мутантов. Возникли новые сталкерские группировки. Аномалии видоизменяются и сращиваются, порождая гибриды, представляющие опасность.

Мистическая сила сбивает армейский вертолет над Зоной. С целью спасения единственного пассажира, спецгруппа военсталов отправляется на поиски упавшей машины. На десантников внезапно начинается охота.

Самый страшный и угрожающий район Зоны-могильник. Это дикие непроходимые территории, из глубин которых поднимается энергия аномалий старых захоронений. В Могильнике водятся существа, которые нигде больше не встречаются, там происходят вещи, которые способны напугать видавшего виды сталкера.

Бывалый сталкер Джагер не мог даже предположить, что команда, проводником которой он являлся, бросит его в Зоне раненого, с переломом ноги и без средств к существованию умирать. Он не сломался, наоборот, Джагер изо всех сил пытается выбраться из Пустых земель.

Стоит попасть в Зону однажды и она больше никогда тебя не отпустит. Например, бывший сталке Штопор, который давно покинул чернобыльские окрестности, решает возвратиться за хабаром, оставленным когда-то в тайнике на Кордоне.

Майор Кальтер, который служет в службе военной разведки, хочет пойти в Припять, населенную мутантами, и уговаривает сталкера по прозвищу Мракобес, сопровождать его. Сталкер не доверяет очень скрытному майору, но за обещанную плату он готов с этим смириться, тем более до цели не очень далеко.

Вторая Вспышка образовала на территории Зоны еще более кровожадных монстров, чем катаклизмы до вспышки. И среди таких монстров есть Хозяин – Главный Враг, обладающий очень сильным артефактом, который открывает жителям Зоны возможность проходить во внешний мир...